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病毒研究用水系列四:測序儀用水對結(jié)果的影響

瀏覽次數(shù):1327發(fā)布日期:2020-07-03

基因測序技術(shù)是一種基因檢測技術(shù),也被稱為DNA測序技術(shù),是進(jìn)行分子生物學(xué)研究和基因改造的基礎(chǔ),也是解鎖人類生命奧秘的重要方式之一?;驕y序技術(shù)發(fā)展了40余年,已在眾多領(lǐng)域被廣泛應(yīng)用,包括生物的基因組圖譜繪制、物種進(jìn)化演替過程、表觀遺傳學(xué)、疾病相關(guān)基因的確定和診斷等等。近年來,基因測序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)由實驗室研究演變到臨床使用,為我們理解人類生物學(xué)特征和疾病,評估遺傳疾病提供了關(guān)鍵性信息,所以說基因測序技術(shù)是下一個改變世界的技術(shù)毫不為過。

<span class='bjFfcClass' style='color:red' ><span class='bjFfcClass' style='color:red' >新冠</span></span>病毒研究用水

    在疫情期間,這項技術(shù)得到了更多人的關(guān)注。疫情爆發(fā)初期,在不到一個月的時間內(nèi),通過基因測序技術(shù),病毒的基因組序列被公布,為分析病毒的進(jìn)化來源、致病機(jī)制提供了資料。不少國家也發(fā)起了患者基因測序計劃,以了解個人基因?qū)Σ《靖腥痉磻?yīng)的影響,這項研究的數(shù)據(jù)將為患者護(hù)理及藥物處方提供信息,未來還可以幫助疫苗設(shè)計,從而拯救更多生命。

基因測序流程

    整個測序環(huán)節(jié)中,從樣品收集到上機(jī)測序,水貫穿了包括測序儀的日常清洗維護(hù)和試劑配制在內(nèi)的每一個環(huán)節(jié)。作為一個*的基礎(chǔ)試劑,水的品質(zhì)對終測序結(jié)果會產(chǎn)生顯著影響。水中的雜質(zhì),如無機(jī)鹽、有機(jī)物、核酸酶、顆粒物等,不僅會污染設(shè)備,縮短測序儀毛細(xì)管的使用壽命,而且還會降低DNA聚合酶的活性,終干擾測序結(jié)果的準(zhǔn)確性。

下面這些基因測序經(jīng)常遇到的問題很有可能是使用的水有問題,快來看看你有沒有中招…

Q1:DNA測序樣品用什么溶劑溶解比較好?

溶解DNA測序樣品,使用超純水溶解為宜。

原因: DNA的測序反應(yīng)的原理其實就是Taq酶的聚合反應(yīng),需要一個合適的酶反應(yīng)條件。如果溶解DNA樣品的溶液含有過多的鹽,會影響測序反應(yīng)體系,造成Taq酶的聚合性能下降,干擾測序反應(yīng)甚至無法產(chǎn)生信號。

純水應(yīng)用Tips: 超純水機(jī)采用基因測序超純化柱,RephiLe配方填料的低鎂型純化柱,可以特異性去除水中的鎂離子,降低空白本底對測序反應(yīng)體系的影響。

Q2:測序結(jié)果怎么沒有峰圖呢?

原因:模板被降解,罪魁禍?zhǔn)卓赡苁菧y序使用的水中含有核酸酶。

純水應(yīng)用Tips: 制備超純水的超純水機(jī)需要帶有終端濾器,如樂楓生物的RephiBio終端濾器,可以去除DNA酶和RNA酶。

Q3:為什么測序峰圖出現(xiàn)了“瀑布效應(yīng)”?

瀑布效應(yīng)

“瀑布效應(yīng)”是基線突然從高處下降的現(xiàn)象。

原因:樣品被有機(jī)物污染,有機(jī)物會被激發(fā)產(chǎn)生熒光,抬高基線。

純水應(yīng)用Tips: 使用帶有TOC檢測系統(tǒng)的超純水機(jī),如樂楓Genie系列智能超純水系統(tǒng),有機(jī)物含量低于5 ppb,采用全氧化法設(shè)計的TOC在線監(jiān)測系統(tǒng),在線監(jiān)測TOC含量,符合ISPE制藥工程指南 / 美國藥典USP等標(biāo)準(zhǔn)對于TOC檢測的要求。

Q4:“釘子峰”如何避免?

釘子峰

“釘子峰”是A、T、C、G四個顏色的峰都被突然拔起,形成的尖銳峰形。

原因: 溶液中可能存在氣泡或者顆粒,氣泡和顆粒對激光全反射,形成“釘子峰”。

純水應(yīng)用Tips: 純水機(jī)取水口配備0.22μm的終端濾器,測序之前使用超聲波對超純水進(jìn)行脫氣可以有效地防止“釘子峰”。

    樂楓生物Genie系列智能純水系統(tǒng)以穩(wěn)定的水質(zhì)、智能的操作系統(tǒng)充分滿足基因測序用水需求,在諸多應(yīng)用到測序儀的實驗室常常會看到樂楓生物Genie系列智能超純水系統(tǒng)的身影。華大基因海外“火眼實驗室”采用的超純水機(jī)是Genie 系列的超純水系統(tǒng)。

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